真菌基因組中的基因數量，我只有這種細菌的基因組，我怎麼知道真菌的種類

在微生物家族中，真菌是最複雜的。 它們種類繁多，數量眾多，速度快，分布廣泛，與人類有著極其密切的關係。 只能在顯微鏡下看到的小真菌; 較大的真菌，如靈芝、香菇、木耳等，已經大到大家都能看到。

然而，即使是真菌家族中最小的成員，酵母菌和黴菌，也比細菌和放線菌大幾到幾十倍。 所以真菌的基因組可大可小，範圍也相當大。

迄今為止，已經測序了大約 2,600 個編碼酵母中 RNA 或蛋白質的基因。 通過釀酒酵母的全基因組測序，發現在12068 kb的全基因組序列中，有5885個開放閱讀框編碼特定蛋白質。 這意味著平均而言，酵母基因組中每 2 kb 就有乙個編碼蛋白質的基因，即整個基因組中的 72 個核苷酸由乙個開放的閱讀框組成。

這表明酵母基因比其他高等真核生物的基因更緊密地排列。 例如，在**蠕蟲的基因組中，平均每 6kb 就有乙個編碼蛋白質的基因; 在人類基因組中，平均需要 30 kb 或更多才能找到編碼蛋白質的基因。 酵母基因組的緊湊性是由於基因的短插層和基因中內含子的稀缺性。

酵母基因組開放閱讀框的平均長度為1450 bp或483個密碼子，最長的是位於第十二染色體上的功能未知的開放閱讀框（4910個密碼子），極少數開放閱讀框的長度超過1500個密碼子。 在酵母基因組中，也有編碼短蛋白的基因，例如PMP1基因，它編碼由40個氨基酸組成的細胞質膜蛋白脂質。 此外，酵母基因組還包含：

約140個編碼RNA的基因，排列在第十二條染色體的長端; 40 個編碼 snRNA 的基因，分布在 16 條染色體上; 共有43個家族的275個tRNA基因也廣泛分布在基因組中。

總結。 您好，親愛的，很高興為您解答！ 為了確定細菌的種類，有必要分析和比較細菌的遺傳資訊。

一種常見的方法是將細菌的基因組與已知細菌的基因組進行比較，然後確定具有最高相似度的細菌種類。 此外，還可以根據真菌的形態、生理特徵、生化特徵等推斷真菌的種類。 需要注意的是，由於細菌種類繁多，可能無法通過比較基因組來確定物種，需要結合其他資訊來做出判斷。

我只有這種真菌的基因組，我怎麼知道真菌的種類？

親愛的，很高興為您微笑！ 為了確定細菌的種類，有必要分析和比較細菌的遺傳資訊。 一種常見的方法是將細菌的基因組與已知細菌的基因組進行比較，然後確定具有最高相似度的細菌種類。

此外，還可以根據真菌的形態、生理特徵和生化特徵來推斷真菌的種類。 需要注意的是，由於真菌中所含的物種數量眾多，有時可能無法通過比較基因組來確定物種，需要結合其他資訊來做出判斷。

全基因組。

全基因組。

整個基因群是指生物體所有基因的序列資訊，包括編碼蛋白質的基因和非編碼RNA基因。 全基因組測序是一種對基因組進行測序以獲得生物體完整基因組序列的技術。 在基因組測序中，可以使用三代高通量測序技術或飢餓訓練的其他型別的測序技術獲得基因組序列資料，這些技術只能用於基因功能研究、物種進化研究、基因組學研究等。

我丟了那個細菌，只有這個細菌的全基因組，沒有辦法測量16s，我該怎麼辦才能知道這個細菌的菌株。

如果你只有一種細菌的全基因組，而沒有關於該菌株的其他資訊，如形態、生理特徵、生化特徵等，那麼可能很難確定細菌的種類。 但是，可以嘗試菌株特異性序列比對，例如 tajima's d'通過值比較和卡尺測序對基因組進行比較，以找到與已知菌株高度相似的序列。 此外，您可以嘗試使用一些公共資料庫來查詢有關這種真菌的資訊。

例如，NCBI的Genbank和Ensembl資料庫都包含大量的菌株資訊，包括粗基因群序列、基因標註資訊、分子特徵等，可以與菌株的基因組序列進行比較，以確定菌株的種類。

細菌基因組差異很大，基因組大小從幾百kb（千個鹼基對）到十幾mb（兆鹼基對）不等，變化超過20倍，以下是幾種細菌基因組的大小：

分類基因組大小範圍 （kb）。

真細菌 650-13200

革蘭氏陰性菌。

革蘭氏陽性菌。

蘭花菌 3100-13200

支原體 650-1800

古細菌 1600-4100

然而，在我們的實驗中，只能提取出大約20-30kb的大小，這可能是DNA太長，容易斷裂; 以下文獻列出了 12 種真細菌和 4 種古細菌的 16 個完整基因組的大小。